冷压法：在不超过60的温度下压制，冷压后的油体呈金黄色。用这种方法加工的南瓜籽油能很好地保留天然成分，但缺点是榨油率低。

热压法：将南瓜子去壳，然后加热翻炒，再进行机械压制。与冷榨相比，热压出油率更高。缺点是高温压榨油破坏了很多植物的活性成分，而且热压油颜色比较深。6号溶剂的提取方法容量大、成本低，但由于6号溶剂沸点高，在脱溶剂过程中需要高温加热，因此脱脂南瓜籽粕中的活性成分也因受热变性。

超临界流体萃取：虽然可以很好的保存油中的天然成分，但是加工成本高，生产能力小，对于价格低廉的产品南瓜籽油来说，实在是太高了。