腰果在其生长的不同阶段，会受到60多种病虫的危害。其中腰果病害主要有花序疫病、瘁倒病、流胶病、枝腐落叶病、叶腐病、黄色叶斑病、小叶病等；虫害主要有腰果角盲蝽、腰果细蛾、腰果铁蛀虫、金龟子等。

腰果铁蛀虫是一种腰果树茎干害虫，对其防治最好是在7-8月产卵期进行，一般可用0.15%的西维因或0.05%的久效磷处理腰果树的裸露根。

龟子幼虫主要危害腰果树根，化学防治的方法是每公顷施有效成分1千克的石硫合剂效果最好，用药15天后虫口减少74.4%。