南瓜子仁有助于解毒杀虫、补脾益气、消肿、降糖止渴、下乳汁、润肺燥的作用。南瓜子在古今医籍中多有其药用和实用的记载，如《现代食用中药》记载，南瓜子可以去除绦虫，《安徽药材》记载可以杀蛔虫。《中国药直图鉴》记载，炒后煎服，治疗产后手足水肿、糖尿病。《本草纲目拾遗》记载多食壅气滞膈，南瓜子性平偏温、味甘无毒，归脾胃、大肠经，具有解毒杀虫、补脾益气、消肿、降糖、止咳、下乳汁、润肺燥的作用，且甘平不伤正气。临床主要用于绦虫病、蛔虫病、蛲虫病等。重疾，产后水肿及缺乳、糖尿病、前列腺肥大、脾虚、营养不良、见消瘦乏力、脾虚水肿等的辅助治疗。

需要注意的有两点，一是南瓜子热量高，一次不吃太多，否则容易出现消化不良或引起肥胖。二是南瓜子可用于各种疾病的辅助治疗不可代替常规的诊断及用药。